Ver imágenes DICOM usando Pydicom y Matplotlib – Part 1

Requisito previo: Matplotlib 

DICOM significa Imágenes digitales y comunicaciones en medicina. Los archivos DICOM se introdujeron para mantener la uniformidad entre los diversos tipos de modalidades de imágenes médicas. Es un formato estándar para ver, almacenar, compartir y recuperar imágenes médicas.

Python ofrece un potente módulo, pydicom , para trabajar con archivos DICOM, como imágenes médicas, informes y objetos de radioterapia. Pydicom lee, modifica y escribe datos en archivos DICOM. 

Instalación

Ejecute los siguientes comandos en el símbolo del sistema:

pip install dicom
pip install matplotlib

pydicom nos permite trabajar con archivos DICOM, en este artículo discutiremos el mecanismo de visualización del archivo DICOM usando pydicom y matplotlib. Para leer los archivos DICOM usamos el paquete pydicom y para ver el resultado usamos matplotlib.

Acercarse

• Módulo de importación
• Lea el archivo DICOM usando el método pydicom.data.data_manager.get_files()

Sintaxis: 

pydicom.data.data_manager.get_files(base,pass_dicom)[0]

Parámetro:

• Base: es el directorio base para buscar recursivamente como una string.
• Patrón: Por defecto es “*”. Es un patrón de string que se utiliza para filtrar los archivos.

• Proporcione 2 argumentos: base y patrón
• Muestre los datos como imagen, es decir, en un ráster regular 2D.
• Mostrar imagen

Nota: Ingrese la ubicación del archivo dcm excluyendo el nombre del archivo en la base del nombre de la variable e ingrese el nombre del archivo en la variable pass_dicom. En este caso, el archivo se almacena en un directorio llamado dicom_image como se muestra:

Descargue el archivo dcm desde aquí y cámbiele el nombre a: 1-12.dcm

Compare la ruta que se muestra en la barra de direcciones con los valores almacenados en la variable base y pass_dicom

Programa:

import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom
import pydicom.data
  
# Full path of the DICOM file is passed in base
base = r"C:\Users\Ajit Gupta\Documents\dicom image"
pass_dicom = "1-12.dcm"  # file name is 1-12.dcm
  
# enter DICOM image name for pattern
# result is a list of 1 element
filename = pydicom.data.data_manager.get_files(base, pass_dicom)[0]
  
ds = pydicom.dcmread(filename)
  
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)  # set the color map to bone
plt.show()

Producción: