Mahotas: comprobar si dos imágenes representan el mismo etiquetado

En este artículo veremos cómo podemos comprobar si las dos imágenes representan el mismo etiquetado en mahotas. Para ello, vamos a utilizar la imagen de microscopía fluorescente de un benchmark de segmentación nuclear. Podemos obtener la imagen con la ayuda del comando que se indica a continuación. 

mahotas.demos.nuclear_image()

A continuación se muestra la imagen_nuclear 

Para ello utilizaremos el método mahotas.labeled.is_same_labeling  

Sintaxis: mahotas.labeled.is_same_labeling(label1. labelled2)
Argumento: Toma dos imágenes etiquetadas como argumento
Retorno: Devuelve bool 
 

Nota: La entrada de esto debe ser el objeto de imagen filtrado que está etiquetado 

Para filtrar la imagen, tomaremos el objeto de imagen que es numpy.ndarray y lo filtraremos con la ayuda de la indexación, a continuación se muestra el comando para hacer esto  

image = image[:, :, 0]

Ejemplo 1 : 

# importing required libraries
import mahotas
import numpy as np
from pylab import imshow, show
import os
 
# loading nuclear image
f1 = mahotas.demos.load('nuclear')
 
# setting filter to the image
f1 = f1[:, :, 0]
 
 
# setting gaussian filter
f1 = mahotas.gaussian_filter(f1, 4)
 
# setting threshold value
f1 = (f1> f1.mean())
 
# creating a labeled image
labeled1, n_nucleus1 = mahotas.label(f1)
 
# showing the labeled image
print("Labelled 1 Image")
imshow(labeled1)
show()
 
# loading nuclear image
f2 = mahotas.demos.load('nuclear')
 
# setting filter to the image
f2 = f2[:, :, 0]
 
# setting gaussian filter
f2 = mahotas.gaussian_filter(f2, 4)
 
# setting threshold value
f2 = (f2> f2.mean())
 
# creating a labeled image
labeled2, n_nucleus2 = mahotas.label(f2)
 
 
# showing the labeled image
print("Labelled 2 Image")
imshow(labeled2)
show()
 
# c hecking if both the labeled images are same
check = mahotas.labeled.is_same_labeling(labeled1, labeled2)
 
# printing check
print("Same Labelling : "+ str(check))

Producción : 

Same Labelling : True

Ejemplo 2:  

# importing required libraries
import mahotas
import numpy as np
from pylab import imshow, show
import os
 
# loading nuclear image
f1 = mahotas.demos.load('nuclear')
 
# setting filter to the image
f1 = f1[:, :, 0]
 
 
# setting gaussian filter
f1 = mahotas.gaussian_filter(f1, 4)
 
# setting threshold value
f1 = (f1> f1.mean())
 
# creating a labeled image
labeled1, n_nucleus1 = mahotas.label(f1)
 
# showing the labeled image
print("Labelled 1 Image")
imshow(labeled1)
show()
 
# loading nuclear image
f2 = mahotas.demos.load('nuclear')
 
# setting filter to the image
f2 = f2[:, :, 0]
 
# setting gaussian filter
f2 = mahotas.gaussian_filter(f2, 4)
 
# setting threshold value
f2 = (f2> f2.mean())
 
# creating a labeled image
labeled2, n_nucleus2 = mahotas.label(f2)
 
# removing border
labeled2 = mahotas.labeled.remove_bordering(labeled2)
 
 
# showing the labeled image
print("Labelled 2 Image")
imshow(labeled2)
show()
 
# checking if both the labeled images are same
check = mahotas.labeled.is_same_labeling(labeled1, labeled2)
 
# printing check
print("Same Labelling : "+ str(check))

Producción : 

Same Labelling : False