Biopython – Operación de búsqueda en la base de datos de Entrez

El NCBI proporciona un sistema de búsqueda en línea llamado Entrez. Esto proporciona acceso a una amplia gama de bases de datos de biología molecular y también proporciona un sistema de consulta global integrado que admite los operadores booleanos y la búsqueda de campo. Los resultados se devuelven desde todas las bases de datos que contienen información como el número de visitas, enlaces a la base de datos de origen, etc. de cada base de datos.

Funciones utilizadas

Biopython Entrez viene equipado con 2 métodos para realizar operaciones de búsqueda en bases de datos:

• Biopython tiene un método específico de Entrez llamado esearch() para buscar en cualquiera de las bases de datos de Entrez. Acepta la base de datos de parámetros posicionales y el término que tenemos que buscar. Si se asigna una base de datos incorrecta, generará un error.

Sintaxis:

Bio.Entrez. investigación(base de datos, término)

• Para buscar cualquier consulta en todas las bases de datos, se utiliza el método egquery() . Es similar a los métodos de Entrez.esearch() excepto que solo toma el término parámetro omitiendo el parámetro de la base de datos.

Sintaxis:

Bio.Entrez.egquery(término)

Acercarse

• Importe los módulos requeridos.
• Configure su correo electrónico para identificar quién está conectado con la base de datos.
• Configure el parámetro de la herramienta Entrez, es Biopython por defecto.
• Utilice cualquiera de los métodos proporcionados anteriormente con los parámetros apropiados.
• Los datos devueltos estarán en formato XML, por lo que para obtener estos datos en el objeto python, se utiliza el método Entrez.read() para leer el objeto.
• Lea la información proporcionada.

La implementación usando ambos métodos se da a continuación:

Ejemplo 1: Usar essearch()

# Import libraries
from Bio import Entrez
  
# Setting email
Entrez.email = 'jeetesh1@yopmail.com'
  
# Setting Entrez tool parameter
Entrez.tool = 'Demoscript'
  
# Searching for database
info = Entrez.esearch(db="nucleotide", term="genome")
  
# reading records
record = Entrez.read(info)
  
# Showing records
print(record)

Producción:

Ejemplo 2: Usando egquery()

# Import libraries
from Bio import Entrez
  
# Setting email
Entrez.email = 'jeetesh1@yopmail.com'
  
# Setting Entrez tool parameter
Entrez.tool = 'Demoscript'
  
# Searching for database
info = Entrez.egquery(term="genome")
  
record = Entrez.read(info)
for row in record["eGQueryResult"]:
    print(row["DbName"], row["Count"])

Producción :