La alineación de secuencias por pares es un proceso en el que se comparan dos secuencias a la vez y se proporciona la mejor alineación de secuencias posible. La alineación de secuencias por pares utiliza un algoritmo de programación dinámica. Biopython tiene un módulo especial Bio.pairwise2 que identifica la secuencia de alineación utilizando el método … Continue reading «Biopython – Alineación por pares»
El alineamiento de secuencias es un proceso en el que se ordenan dos o más secuencias de ADN, ARN o proteínas para identificar específicamente la región de similitud entre ellas. La identificación de similares proporciona mucha información sobre qué rasgos se conservan entre las especies, qué tan cerca están las diferentes especies genéticamente, cómo evolucionan … Continue reading «Biopython – Alineación de secuencias»
Biopython tiene un módulo Bio.SeqIO incorporado que proporciona funcionalidades para leer y escribir secuencias desde o hacia un archivo, respectivamente. Bio.SeqIO admite casi todos los formatos de manejo de archivos utilizados en bioinformática. Biopython sigue estrictamente el enfoque único para representar la secuencia de datos analizados al usuario con el objeto SeqRecord . SeqRecord El … Continue reading «Biopython – Entrada/salida de secuencia»
El módulo Bio.SeqIO de Biopython proporciona una amplia gama de interfaces simples y uniformes para ingresar y generar los formatos de archivo deseados. Este formato de archivo solo puede manejar las secuencias como un objeto SeqRecord . Las strings en minúsculas se utilizan al especificar el formato de archivo. Los mismos formatos también son compatibles … Continue reading «Biopython – Formatos de archivo de secuencia»
El NCBI proporciona un sistema de búsqueda en línea llamado Entrez. Esto proporciona acceso a una amplia gama de bases de datos de biología molecular y también proporciona un sistema de consulta global integrado que admite los operadores booleanos y la búsqueda de campo. Los resultados se devuelven desde todas las bases de datos que … Continue reading «Biopython – Operación de búsqueda en la base de datos de Entrez»
Los algoritmos de aprendizaje automático son útiles en todos los aspectos de la vida para analizar datos con precisión. La bioinformática puede derivar fácilmente información utilizando el aprendizaje automático y, sin él, es difícil analizar una gran cantidad de información genética. Los algoritmos de aprendizaje automático se clasifican ampliamente en tres partes: aprendizaje supervisado, aprendizaje … Continue reading «Biopython: descripción general del aprendizaje automático»
El NCBI proporciona un sistema de búsqueda en línea llamado Entrez. Esto proporciona acceso a una amplia gama de bases de datos de biología molecular y también proporciona un sistema de consulta global integrado que admite los operadores booleanos y la búsqueda de campo. Los resultados se devuelven desde todas las bases de datos que … Continue reading «Biopython – Conexión de base de datos Entrez»