Paquetes en R Programación

El paquete es una forma adecuada de organizar el trabajo y compartirlo con los demás. Por lo general, un paquete incluirá código (¡no solo código R!), documentación para el paquete y las funciones internas, algunas pruebas para verificar que todo funcione como debería y conjuntos de datos. 

Paquetes en R

Los paquetes en el lenguaje de programación R son un conjunto de funciones R, código compilado y datos de muestra. Estos se almacenan en un directorio llamado «biblioteca» dentro del entorno R. De forma predeterminada, R instala un grupo de paquetes durante la instalación. Una vez que iniciamos la consola R, solo los paquetes predeterminados están disponibles por defecto. Otros paquetes que ya están instalados deben cargarse explícitamente para que los utilice el programa R que los usará. 

¿Qué son los repositorios?

Un repositorio es un lugar donde se ubican y almacenan paquetes para que pueda instalar paquetes desde allí. Las organizaciones y los desarrolladores tienen un repositorio local, por lo general, están en línea y son accesibles para todos. Algunos de los repositorios más populares para paquetes R son: 

• CRAN: Comprehensive R Archive Network (CRAN) es el repositorio oficial, es una red de servidores ftp y web mantenida por la comunidad R en todo el mundo. La comunidad R lo coordina, y para que un paquete se publique en CRAN, el paquete debe pasar varias pruebas para garantizar que el paquete sigue las políticas de CRAN.
• Bioconductor: Bioconductor es un repositorio de temas específicos, destinado a software de código abierto para bioinformática. Al igual que CRAN, tiene sus propios procesos de envío y revisión, y su comunidad es muy activa y tiene varias conferencias y reuniones al año para mantener la calidad.
• Github: Github es el repositorio más popular para proyectos de código abierto. Es popular porque proviene del espacio ilimitado para el código abierto, la integración con git, un software de control de versiones y su facilidad para compartir y colaborar con otros.

Instalar un paquete R

Hay varias formas de instalar R Package, algunas de ellas son, 

• Instalación de paquetes desde CRAN: para instalar paquetes desde CRAN necesitamos el nombre del paquete y usamos el siguiente comando:

install.packages("package name")

• Instalar el paquete desde CRAN es la forma más común y sencilla, ya que solo tenemos que usar un solo comando. Para instalar más de un paquete a la vez, solo tenemos que escribirlos como un vector de caracteres en el primer argumento de la función install.packages() :

Ejemplo: 

install.packages(c("vioplot", "MASS"))

• Instalación de paquetes de Bioconductor: en Bioconductor, la forma estándar de instalar un paquete es ejecutar primero el siguiente script:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

• Esto instalará algunas funciones básicas que son necesarias para instalar paquetes de bioconductores, como la función biocLite() . Para instalar los paquetes principales de Bioconductor, simplemente escríbalo sin más argumentos:

biocLite()

• Si solo queremos algunos paquetes particulares de este repositorio, escriba sus nombres directamente como un vector de caracteres:

Ejemplo: 

biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

Actualizar, eliminar y verificar paquetes instalados en R

Para verificar qué paquetes están instalados en su computadora, escriba este comando: 

installed.packages()

Para actualizar todos los paquetes, escriba este comando: 

update.packages()

Para actualizar un paquete específico, escriba este comando: 

install.packages("PACKAGE NAME")

Instalación de paquetes mediante la interfaz de usuario de RStudio

En R Studio vaya a Tools -> Install Package , y allí nos saldrá una ventana emergente para escribir el paquete que desea instalar: 

En Paquetes, escriba y busque el Paquete que queremos instalar y luego haga clic en el botón de instalación . 

Cómo cargar paquetes en el lenguaje de programación R

Cuando se instala un paquete, estamos listos para usar sus funcionalidades. Si solo necesitamos un uso esporádico de algunas funciones o datos dentro de un paquete, podemos acceder a ellos con la siguiente notación.

 packagename::functionname()

Ejemplo:  Accedamos a la función de nacimientos del paquete babynames. Luego escriba este comando, 

babynames::births

Producción: 

Diferencia entre un paquete y una biblioteca

Siempre hay confusión entre un paquete y una biblioteca, y encontramos personas que llaman a las bibliotecas como paquetes. 

• library(): Es el comando que se utiliza para cargar un paquete, y se refiere al lugar donde se encuentra el paquete, generalmente una carpeta en nuestra computadora.
• Paquete: Es una colección de funciones agrupadas convenientemente. El paquete es una forma adecuada de organizar nuestro propio trabajo y compartirlo con los demás.

Cargue más de un paquete a la vez

Solo podemos ingresar un vector de nombres en la función install.packages() para instalar un paquete, en el caso de la función library() , esto no es posible. Podemos cargar un conjunto de paquetes de uno en uno o, si lo prefiere, utilizar una de las muchas soluciones alternativas desarrolladas por los usuarios de R. 

Descargar un paquete en lenguaje R

Para descargar un paquete dado, use la función detach() . El uso será: 

detach("package:babynames", unload = TRUE)

Elija los paquetes R correctos

La forma tradicional de descubrir paquetes es simplemente aprendiendo R, en muchos tutoriales y cursos se suelen mencionar y utilizar los paquetes más populares. La primera alternativa puede ser buscar categorías de paquetes CRAN. CRAN es el repositorio oficial, también nos da la opción de navegar por los paquetes. 

Otra alternativa para encontrar paquetes puede ser R Documentation, un agregador de documentación de ayuda para paquetes R de CRAN, BioConductor y GitHub, que le ofrece un cuadro de búsqueda listo para sus requests directamente en la página principal.